Здравствуйте.
Как правило, пока решение по апелляции не вступило в силу, Вы легально пребываете в Чехии и в ЕС.  Исключение из этого правила составляет случай подачи заявления после истечения срока пребывания. Поэтому можете получать прекленовак, выезжать и въезжать.
Вне зависимости от времени, там уведённого, прекленовак прекратит действие в день получения решения апелляционного органа, если он подтвердит решение об отказе.